Фонд сотрудничает со множеством организаций, обладающих высшими компетенциями для достижения целей Фонда.
Среди них:
- Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
- Министерство экономического развития Российской Федерации
- Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере (Фонд содействия инновациям)
- Фонд инфраструктурных и образовательных программ
- Комитет по науке и высшей школе Санкт-Петербурга
- Комитет по промышленной политике и инновациям Санкт-Петербурга
- Центр управления проектами в промышленности
- АО «Роснано»
- ЗАО «Международный центр социально-экономических исследований «Леонтьевский Центр»»
- Ассоциация «Российский дом международного научно-технического сотрудничества»
- Новосибирский областной инновационный фонд
- Национальная ассоциация бизнес-ангелов
- Российская ассоциация венчурного инвестирования
- Национальная ассоциация трансфера технологий
- Ассоциация брокеров инноваций и технологий
- Инвестиционно-венчурный фонд Республики Татарстан
- Центр стратегических разработок «Северо-Запад», СПб.
- Журнал «Инновации»
- ПАО «Светлана», СПб.
- АО Акционерный банк «Россия», СПб.
- Межведомственный аналитический центр
- АО «Российская венчурная компания»
- ООО «Инконсалт К»